Chlorhexidine acetate ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อและยาฆ่าเชื้อในสถานพยาบาลและการแพทย์ต่างๆ มักใช้ในการเตรียมผิวหนังก่อนการผ่าตัดและฉีดยาเพื่อลดความเสี่ยงของการติดเชื้อ สารเคมีนี้ยังใช้ในน้ำยาบ้วนปากและน้ำยาล้างปากสำหรับรักษาโรคเหงือกอักเสบและรักษาสุขอนามัยช่องปากโดยควบคุมคราบพลัคและแบคทีเรีย ในสัตวแพทย์ ใช้ในการฆ่าเชื้อแผลและสถานที่ผ่าตัดในสัตว์ นอกจากนี้ ยังผสมในครีมทาผิวและน้ำยาสำหรับรักษาแผลถลอกเล็กน้อย แผลไหม้ และการติดเชื้อผิวหนัง คุณสมบัติต้านจุลินทรีย์แบบกว้างทำให้มีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรีย เชื้อรา และไวรัสบางชนิด ทำให้มีความยืดหยุ่นในการควบคุมการติดเชื้อ