เฮกซิลแมกนีเซียมคลอไรด์ใช้เป็นสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยากรีญาร์ด (Grignard Reaction) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ตัวอย่างการใช้งาน ได้แก่ การสังเคราะห์แอลกอฮอล์โดยการทำปฏิกิริยากับคาร์บอนิลคอมพาวด์ เช่น อัลดีไฮด์หรือคีโตน นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการผลิตสารประกอบอินทรีย์อื่นๆ เช่น กรดคาร์บอกซิลิก อีเทอร์ และเอมีน ซึ่งมีประโยชน์ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์