ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต้านการอักเสบชนิดไม่ใช่สเตียรอยด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตนาโปรกซ์เซน (Naproxen) ซึ่งเป็นยาแก้ปวดและลดการอักเสบที่นิยมใช้กันทั่วไป สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางที่สำคัญในขั้นตอนการเติมหมู่ฟังก์ชันที่จำเป็นต่อโครงสร้างของตัวยาระดับสุดท้าย กลุ่มบรอมโมเมทิลช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแอลคิเลชัน ซึ่งมีคุณค่าในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-เฮเทอโรอะตอมในการผลิตยา โครงสร้างเมทอกซินาฟทาลีนให้ความคล้ายคลึงกับโครงสร้างยาที่มีฤทธิ์ ส่งเสริมประโยชน์ในการเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสีย้อมเรืองแสงและโปรบ เนื่องจากคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์โดยธรรมชาติของโมเลกุลนาฟทาลีน