เบอร์เบอรีน คลอไรด์ ไฮเดรต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในด้านสุขภาพและยา เนื่องจากมีคุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านจุลชีพ และช่วยควบคุมระดับน้ำตาลในเลือด สารนี้จึงนิยมใช้ในผลิตภัณฑ์เสริมอาหารเพื่อช่วยในการจัดการโรคเบาหวาน โดยช่วยเพิ่มความไวต่ออินซูลินและลดการสร้างน้ำตาลในตับ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาว่าเบอร์เบอรีนช่วยลดระดับคอเลสเตอรอลและไตรกลีเซอไรด์ในเลือด ทำให้เป็นที่สนใจในการดูแลสุขภาพหัวใจและหลอดเลือด ในด้านการแพทย์แผนโบราณ โดยเฉพาะยาแผนจีน สารนี้ถูกใช้รักษาอาการท้องร่วง ท้องเสียจากแบคทีเรีย และการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร เนื่องจากมีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียบางชนิด รวมถึงเชื้อราและไวรัสในระดับหนึ่ง ปัจจุบันยังมีงานวิจัยเกี่ยวกับศักยภาพของเบอร์เบอรีนในการช่วยลดน้ำหนัก และป้องกันโรคเรื้อรังบางชนิด เช่น มะเร็ง และโรคอัลไซเมอร์ แต่ยังอยู่ในขั้นตอนการศึกษาเพิ่มเติม