ฟินาเฟล็กซาซินถูกใช้เป็นยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะในกรณีที่เกิดการติดเชื้อที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น มักใช้ในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ รวมถึงการติดเชื้อที่ซับซ้อนและรุนแรง นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อในผู้ป่วยที่มีภาวะกรดในร่างกายสูง ซึ่งเป็นสภาพที่ยาปฏิชีวนะอื่นๆ อาจทำงานได้ไม่ดี ฟินาเฟล็กซาซินยังถูกศึกษาเพื่อใช้ในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจและผิวหนังอีกด้วย