นาโนมัยซิน เอ มีการนำไปใช้ในด้านการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและเชื้อรา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และกระบวนการทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงศักยภาพในการนำไปใช้เป็นยาต้านมะเร็ง เนื่องจากมีผลในการยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง และอาจมีบทบาทในการพัฒนายาใหม่ๆ ในอนาคต