โมรินิดาโซลถูกใช้หลัก ๆ เป็นยาต้านจุลินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียไม่ใช้ออกซิเจนและโปรโตซัว มักถูกสั่งจ่ายสำหรับการรักษาการติดเชื้อ เช่น ภาวะช่องคลอดอักเสบจากแบคทีเรีย ทริโคโมแนสและบางประเภทของอะมีบาไซติส ยานี้ทำงานโดยการรบกวนการสังเคราะห์ดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ ทำให้เกิดการตาย ในสถานพยาบาลมักให้ทางปากหรือทางหลอดเลือดดำ ขึ้นอยู่กับความรุนแรงและประเภทของการติดเชื้อ ประสิทธิภาพและโปรไฟล์ผลข้างเคียงที่ต่ำค่อนข้างทำให้เป็นตัวเลือกที่ต้องการในการจัดการการติดเชื้อแบบไม่ใช้ออกซิเจน นอกจากนี้ การวิจัยกำลังดำเนินต่อไปเพื่อสำรวจศักยภาพในการรักษาการติดเชื้ออื่น ๆ และบทบาทในการบำบัดร่วม