สารละลายคานามัยซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในทางชีววิทยาโมเลกุลและจุลชีววิทยา เนื่องจากมีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ โดยมักใช้เป็นส่วนประกอบในสื่อเลี้ยงเชื้อเพื่อคัดเลือกเซลล์ที่ได้รับการแปลงพันธุ์หรือเซลล์ที่มียีนต้านทานต่อคานามัยซิน นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการดื้อยาของแบคทีเรีย และในกระบวนการผลิตโปรตีนรีคอมบิแนนท์ในห้องปฏิบัติการ ในทางการแพทย์ สารละลายคานามัยซินอาจใช้เป็นยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียบางชนิด แต่ต้องใช้ภายใต้การควบคุมของแพทย์เนื่องจากอาจก่อให้เกิดผลข้างเคียงได้