โปรดิจิโอซิน ไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในหลายด้านทั้งทางการแพทย์และอุตสาหกรรม ในการแพทย์ มีการศึกษาว่าสารนี้มีศักยภาพในการต้านมะเร็ง เนื่องจากสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งได้ นอกจากนี้ยังมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ ช่วยในการต่อต้านแบคทีเรียและเชื้อรา อีกทั้งยังมีการวิจัยถึงความเป็นไปได้ในการใช้เป็นสารต้านการอักเสบ ในด้านอุตสาหกรรม โปรดิจิโอซิน ไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้เป็นสารให้สีธรรมชาติในผลิตภัณฑ์ต่างๆ เช่น สีย้อมผ้าและเครื่องสำอาง เนื่องจากมีความปลอดภัยและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมมากกว่าสารเคมีสังเคราะห์