เบนแอกไทซีนถูกใช้เป็นยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง มักใช้ในการรักษาอาการวิตกกังวลและความเครียด โดยออกฤทธิ์เป็นสารต้านโคลิเนอร์จิก ช่วยลดการทำงานของระบบประสาทพาราซิมพาเทติก ทำให้เกิดการผ่อนคลายและลดอาการกระวนกระวาย นอกจากนี้ยังมีการใช้ในบางกรณีเพื่อช่วยในการรักษาอาการปวดท้องหรืออาการเกร็งของระบบทางเดินอาหาร อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง เช่น ง่วงซึม ปากแห้ง และมึนงง