3-(Trifluoromethyl)cyclohexylamine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน เช่น การผลิตยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของสารประกอบที่ได้ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากสามารถผ่านเกราะเลือดและสมองได้ดี ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการออกแบบโมเลกุลยา