อัลลิลามีนไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาต้านเชื้อรา โดยเฉพาะในการผลิตเทอร์บินาฟีน ซึ่งเป็นยาที่มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อรา เช่น กลากน้ำนิด กลาก และเชื้อราที่เล็บ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ ช่วยในการพัฒนาสารประกอบที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อรา นอกจากนี้ ยังใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเคมีต่างๆ และมีบทบาทในการผลิตโพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษ ซึ่งช่วยเพิ่มคุณสมบัติของวัสดุ