Naphthoquine phosphate ใช้หลักในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในพื้นที่ที่โรคมาลาเรียระบาดบ่อย มักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่นๆ เช่น artemisinin เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงต่อการดื้อยา สารประกอบนี้ทำงานโดยรบกวนความสามารถของปรสิตในการเมแทบอลิซึมและใช้ hemoglobin ส่งผลให้ปรสิตตายในที่สุด

ในการรักษาทางคลินิก ให้รับประทานทางปากและมีผลออกฤทธิ์รวดเร็วต่อเชื้อ Plasmodium รวมถึงสายพันธุ์ที่ดื้อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ ยังใช้ในการป้องกันสำหรับนักเดินทางที่ไปยังพื้นที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อมาลาเรีย

นอกเหนือจากการนำไปใช้รักษาโรคมาลาเรีย มีการวิจัยต่อเนื่องเพื่อสำรวจศักยภาพในการรักษาการติดเชื้อปรสิตอื่นๆ และบทบาทของมันใน liệu pháp การรักษาร่วมกันเพื่อผลลัพธ์การบำบัดที่ดียิ่งขึ้น