ควินูปริสตินใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายชนิด โดยเฉพาะเชื้อ Staphylococcus aureus ที่ดื้อต่อเมธิซิลลิน (MRSA) และเชื้อ Enterococcus faecium ที่ดื้อต่อวานโคไมซิน (VRE) ยานี้มักใช้ในกรณีที่การติดเชื้อรุนแรงหรือไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยยาอื่นๆ ควินูปริสตินมักใช้ร่วมกับดาลโฟปริสตินเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อแบคทีเรียและลดโอกาสการดื้อยา นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในผู้ป่วยที่แพ้ยาปฏิชีวนะกลุ่มอื่นหรือไม่สามารถทนต่อผลข้างเคียงของยาชนิดอื่นได้