เบอร์เบอรีนคลอไรด์ไฮเดรตถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในยาแผนโบราณเนื่องจากมีคุณสมบัติต้านจุลชีพและต้านการอักเสบ มักใช้ในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร เช่น ท้องเสียและอหิวาตกโรคจากแบคทีเรีย เนื่องจากสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อก่อโรคที่เป็นอันตราย นอกจากนี้ยังใช้ในการจัดการโรคเมแทบอลิซึม รวมถึงเบาหวานชนิดที่ 2 โดยช่วยควบคุมระดับน้ำตาลในเลือดและปรับปรุงความไวต่ออินซูลิน ในด้านสุขภาพหัวใจและหลอดเลือด เบอร์เบอรีนคลอไรด์ไฮเดรตช่วยลดคอเลสเตอรอลและสนับสนุนการทำงานของหัวใจ ยังมีการนำมาใช้ในโรคผิวหนังเพื่อรักษาปัญหาผิว เช่น สิวและสะเก็ดเงิน เนื่องจากมีฤทธิ์ต้านการอักเสบและต้านแบคทีเรีย นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงศักยภาพในการต้านมะเร็ง โดยเฉพาะการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งบางชนิด