3-methyltoxoflavin เป็นสารที่ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาบทบาทของมันในฐานะสารพิษและการโต้ตอบกับระบบชีวภาพ มันเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการตรวจสอบกลไกของเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการทำความเข้าใจความเครียดจากออกซิเดชันและความผิดปกติของไมโตคอนเดรียที่เกิดจากอนุมูลอิสระออกซิเจน (ROS) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายับยั้งที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาด้านเภสัชวิทยาและพิษวิทยา คุณสมบัติแบบโปรออกซิเดชันของมันทำให้เป็นผู้สมัครสำหรับการสำรวจการประยุกต์ใช้ทาง درمانی เช่น ในการวิจัยต้านมะเร็งที่มันยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งบางชนิดผ่านความเสียหายจากออกซิเดชัน อย่างไรก็ตาม การวิจัยเกี่ยวกับ 3-methyltoxoflavin ยังอยู่ในขั้นเริ่มต้น และจำเป็นต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อยืนยันประสิทธิภาพและความปลอดภัยก่อนนำมาใช้ในทางคลินิก