S-Hydroxychloroquine ถูกนำมาใช้ในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในกรณีที่เชื้อดื้อยา chloroquine นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรคภูมิต้านทานตนเอง เช่น โรค lupus erythematosus และโรค rheumatoid arthritis โดยช่วยลดอาการอักเสบและควบคุมการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันให้เป็นปกติ อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างเคร่งครัด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรงได้