Halofuginone ใช้หลักในการแพทย์สัตว์เป็นยาต้านโปรโตซัว โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพต่อโรคโคคซิเดียซิสในสัตว์ปีกและปศุสัตว์ โดยทำงานโดยยับยั้งการเจริญเติบโตของปรสิต ทำให้ป้องกันโรคและปรับปรุงสุขภาพและผลผลิตของสัตว์ นอกจากนี้ยังแสดงศักยภาพในการรักษาโรคไฟโบรติกในมนุษย์ เช่น สเคลโรเดอร์มาและไฟโบรซิสตับ โดยยับยั้งการสังเคราะห์คอลลาเจนชนิดที่ 1 การวิจัยกำลังดำเนินต่อไปเพื่อสำรวจการประยุกต์ใช้ในการรักษามะเร็ง เนื่องจากอาจยับยั้งการสร้างหลอดเลือดใหม่และการเจริญเติบโตของเนื้องอก ความสามารถในการปรับการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันยังถูกตรวจสอบสำหรับการใช้ที่เป็นไปได้ในโรคภูมิต้านตนเอง