ฟานควิโนนถูกใช้หลักly เป็นยาต้านปรสิต โดยเฉพาะในการรักษาโรคอะมีบา (amoebiasis) ซึ่งเกิดจากปรสิต Entamoeba histolytica ยานี้ทำงานโดยกำจัดปรสิตในลำไส้ ช่วยบรรเทาอาการ เช่น ท้องเสียและปวดท้อง นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาคุณสมบัติต้านแบคทีเรีย ทำให้มันใช้งานได้ในการต่อสู้กับการติดเชื้อแบคทีเรียบางชนิด การนำไปใช้หลักly อยู่ในสาขาการแพทย์ โดยให้ในปริมาณที่ควบคุมเพื่อให้มีประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง