3,6-Difluoro-2-nitrophenol ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางในการผลิตยาต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาที่นำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุล ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของสารประกอบที่ได้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยใช้กลุ่มไนโตรและฟลูออโรเพื่อสร้างสารประกอบที่มีการกำหนดเป้าหมายและประสิทธิภาพเฉพาะ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ถูกนำมาใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิว ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยสนับสนุนความทนทานและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย