2-Fluoro-4-methoxybenzaldehyde ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งหมู่ฟลูออโรและเมทอกซี ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเรืองแสงและสารเคลือบผิวที่มีความทนทานสูง อีกทั้งยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ โดยเฉพาะในกลุ่มยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ