ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรตอนปั๊ม (PPIs) สำหรับรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับกรดในกระเพาะอาหาร โครงสร้างของมันสนับสนุนการก่อตัวของสารประกอบที่ใช้งานได้ซึ่งยับยั้งเอนไซม์ H+/K+-ATPase ในเยื่อบุกระเพาะอาหาร ใช้กันทั่วไปในการผลิตยาเช่น ilaprazole และอนุพันธ์เบนซิเมดาซอลอื่นๆ ยังใช้ในการวิจัยสำหรับพัฒนายาต้านแผลในกระเพาะใหม่เนื่องจากปฏิกิริยาที่ดีและการจัดเรียงกลุ่มฟังก์ชัน