ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรม หมู่ difluoromethoxy ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ lipophilicity ทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับปรับปรุงการดูดซึมยาและความต้านทานต่อการย่อยสลาย ใช้กันทั่วไปในการเตรียมสารกำจัดเชื้อราและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากความสามารถในการปรับกิจกรรมทางชีวภาพในสารประกอบเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างระบบอะโรมาติกที่ซับซ้อนมากขึ้นผ่านการแปลงหมู่ aldehyd เช่น การ aminatio ลดหรือปฏิกิริยาการควบแน่น