ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากความสามารถในการเพิ่มประสิทธิภาพการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรต่อการเผาผลาญในสารออกฤทธิ์ โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยปรับปรุงไลโพฟิลิก สนับสนุนการทะลุผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ในสิ่งมีชีวิตเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเภสัชวิทยาในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนมีความสำคัญต่อกิจกรรม ใช้กันทั่วไปในการเตรียมโมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อนที่ต้องการรูปแบบการแทนที่แบบเลือกสรรบนวงแหวนอะโรมาติก