ใช้ในสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความคงตัวและฤทธิ์ของสาร นิยมใช้ในปฏิกิริยาคอปเปอร์หรือแพลเลเดียมเป็นตัวเร่งเพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-ซัลเฟอร์ในโครงสร้างที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้พัฒนาโมเลกุลใหม่ในงานวิจัยด้านฟาร์มาซูติคัลเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติด้านการดูดซึมและการจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ และใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์พิเศษและลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา เนื่องจากคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนที่แรงของหมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีและความสามารถในการประสานของหมู่ thiol