3,4-Difluorophenyl isocyanate ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย มักนำไปใช้ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในกระบวนการผลิตโพลิเมอร์และเรซินที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความทนทานต่อสารเคมีและความเสถียรทางความร้อน