2,6-Difluorophenyl isocyanate นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม ในด้านเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากมีความเสถียรและมีฤทธิ์ทางชีวภาพสูง ในอุตสาหกรรมโพลิเมอร์ สารนี้ยังใช้เป็นส่วนประกอบในการผลิตโพลิยูรีเทนที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความทนทานต่อสารเคมีและความยืดหยุ่นสูง