4-Methoxybenzyl isocyanate ถูกนำมาใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์ เนื่องจากเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีกลุ่มไอโซไซยาเนต ซึ่งสามารถทำปฏิกิริยากับสารอื่นๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนขึ้นได้ ในอุตสาหกรรมยา, สารนี้มักถูกใช้ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านการอักเสบหรือสารต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยาได้ นอกจากนี้, 4-Methoxybenzyl isocyanate ยังถูกใช้ในการผลิตโพลิเมอร์และเรซินที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความทนทานต่อความร้อนหรือการทนต่อสารเคมี ซึ่งเป็นประโยชน์ในอุตสาหกรรมวัสดุและสารเคลือบผิว ในทางเคมีวิเคราะห์, สารนี้สามารถใช้เป็นรีเอเจนต์ในการตรวจสอบหรือแยกสารอื่นๆ เนื่องจากมีความไวในการทำปฏิกิริยากับกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะ เช่น กลุ่มไฮดรอกซิลหรือเอมีน