2',3',4',5',6'-Pentafluoroacetophenone ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร การแทนที่ด้วยเพนตาฟลูออโรช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้มีคุณค่าต่อการเกิดปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงและเป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับโมเลกุลซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาองค์ประกอบเหลวและวัสดุขั้นสูงเนื่องจากคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ โครงสร้างฟลูออรีนของมันยังช่วยในการศึกษาทางเดินเมแทบอลิซึมและในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีรังสีกำกับสำหรับการถ่ายภาพและวัตถุประสงค์วินิจฉัย