สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานหรือสารกลางในการผลิตสารเคมีที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งสารย่อยแทนคลอโรและฟลูออโร ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร ส่วนของไตรฟลูออโรเอทานอนมักถูกนำมาใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติการดึงอิเล็กตรอน ซึ่งสามารถเพิ่มปฏิกิริยาของกลุ่มฟังก์ชันใกล้เคียงในเส้นทางสังเคราะห์ นอกจากนี้ การมีอะตอมฮาโลเจนช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการแทนที่ ทำให้สามารถสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลายที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ การประยุกต์ใช้ยังพบในวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งสามารถใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์หรือสารเคลือบพิเศษที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความต้านทานต่อสารเคมีหรือความเสถียรทางความร้อน