ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี การประยุกต์ใช้หลักคือการป้องกันหมู่ฮีดรอกซิลในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน โดยหมู่ tert-butyldimethylsilyl (TBS) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน ส่วน trifluoroacetophenone ให้จุดปฏิกิริยาที่ตอบสนองสำหรับการแปลงต่อไป เช่น การสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือการแปลงหมู่ฟังก์ชัน มีคุณค่าโดยเฉพาะในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน เช่น ผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและสารชีวภาพที่ใช้งานได้ โดยการป้องกันและถอนการป้องกันแบบเลือก性เป็นสิ่งสำคัญ ความเสถียรของสารภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในปฏิกิริยาต่อเนื่องโดยไม่ถอนการป้องกันก่อนเวลา