5-Fluoro-2-Methoxycinnamic Acid ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักนำมาใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านการอักเสบหรือต้านมะเร็ง กลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซีช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ผลึกเหลวและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งช่วยในการพัฒนาเทคโนโลยีหน้าจอ คุณสมบัติโครงสร้างยังมีประโยชน์ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการออกแบบยา