6-Chloro-3-pyridinylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยเฉพาะในการผลิตยาที่針對โรคระบบประสาทส่วนกลาง (CNS disorders) นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและยาฆ่าหญ้า เนื่องจากบทบาทในการสร้างสารประกอบที่ควบคุมศัตรูพืชและวัชพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ สารนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งช่วยส่งเสริมการพัฒนา OLEDs และอุปกรณ์ optoelectronic อื่น ๆ เพิ่มเติม สารนี้ถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki-Miyaura reactions เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการสังเคราะห์อินทรีย์ ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ สนับสนุนอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในการสร้างโมเลกุลยาที่ซับซ้อน รวมถึงการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ ๆ ในห้องปฏิบัติการและเคมีอินทรีย์สังเคราะห์เพื่อผลิตสารที่มีโครงสร้างเฉพาะทาง เช่น สารประกอบไพรีดินที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ