6-Bromo-2-chloro-3-methoxyphenylboronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอะริลโบรไมด์หรืออะริลคลอไรด์กับสารประกอบโบรนิกแอซิด สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น เช่น ยา สารเคมีเกษตรกรรม และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อสร้างสารประกอบใหม่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ