6-Methoxy-3-pyridinylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีทางการเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เช่น ที่ใช้ใน OLEDs และเทคโนโลยีขั้นสูงอื่นๆ กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันทำให้มีคุณค่าต่อการไบโอคอนจูเกชันและการตรวจจับ โดยเฉพาะในการตรวจหาน้ำตาลและโมเลกุลที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพอื่นๆ