2-Fluoro-6-aminopyridine-3-boronic acid ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านเคมีอินทรีย์สังเคราะห์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มีความสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลเชิงซ้อน เช่น ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากมีทั้งกลุ่มฟังก์ชันโบรอนิกและอะมิโนที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มความหลากหลายของผลิตภัณฑ์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในกระบวนการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์และสารเรืองแสง เนื่องจากโครงสร้างที่สามารถปรับแต่งได้และความเสถียรทางเคมีสูง