5-Chloro-2-iodobenzonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรม ในด้านเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเพื่อการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ ในด้านเกษตรกรรม สารนี้สามารถนำไปใช้ในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการเพาะปลูกและการป้องกันพืชผลจากการทำลายของแมลงและโรคพืช