9-ไอโอโดเฟแนนทรีน ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางที่หลากหลายในการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki และ Heck ซึ่งช่วยอำนวยในการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และวัสดุออปโตอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่ช่วยเพิ่มการเคลื่อนที่ของอิเล็กตรอน นอกจากนี้ ยังพบการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและโพรบสำหรับการถ่ายภาพทางชีวภาพ โดยอาศัยความสามารถในการดูดซับและปล่อยแสงได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในเคมียา ถูกนำมาใช้ในการสร้าง pharmacophores ที่มีศักยภาพสำหรับการค้นพบยา โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายต่อโรคเช่นมะเร็งและการอักเสบ