สารนี้ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มโบรมีน ฟลูออรีน และเมทอกซีสองกลุ่ม ช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มักใช้ในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig couplings โดยที่โบรมีนทำหน้าที่เป็นกลุ่มออก เพื่อนำส่วน 3,5-ไดเมทอกซี-4-ฟลูออโรฟีนิล ไปเชื่อมต่อกับส่วนอื่นๆ ในสารเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารที่มีฤทธิ์ชีวภาพ เนื่องจากกลุ่มฮาโลเจนและเมทอกซี ซึ่งสามารถมีอิทธิพลต่อการจับคู่แบบโมเลกุล