3-Chloro-5-fluorophenylacetonitrile ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช โครงสร้างทางเคมีของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์และการประยุกต์ใช้ในการวิจัย