Bafilomycin D ใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของปั๊มโปรตอนในเซลล์ โดยเฉพาะในกระบวนการ autophagy ซึ่งเป็นกระบวนการที่เซลล์ย่อยสลายและรีไซเคิลองค์ประกอบที่เสียหายหรือไม่จำเป็น นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการทำงานของ lysosome และการสื่อสารระหว่างเซลล์กับออร์แกเนลล์ต่างๆ ในระดับโมเลกุล Bafilomycin D มีบทบาทสำคัญในการวิจัยโรคต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการทำงานผิดปกติของ lysosome และ autophagy เช่น โรคมะเร็งและโรคทางระบบประสาท