อะซิทิดีน ไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการสร้างสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะเบต้า-แลคตามและสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกอื่นๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาความเครียดของวงแหวนและปฏิกิริยาในเอมีนไซคลิกขนาดเล็ก ซึ่งช่วยในการพัฒนาปฏิกิริยาเคมีและวิธีการใหม่ๆ