6-Azidohexanoic acid ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมีและการไบโอคอนจูเกชัน (bioconjugation) โดยทำหน้าที่เป็นลิงเกอร์หรือสเปเซอร์ที่หลากหลายในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพ โดยเฉพาะในด้าน bioconjugation ที่ช่วยในการติดตั้ง biomolecules เช่น โปรตีน เปปไทด์ หรือแอนติบอดี กับกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ หรือพื้นผิว กลุ่ม azido ในโครงสร้างช่วยให้เกิดปฏิกิริยา click chemistry ได้อย่างมีประสิทธิภาพ เช่น copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) ทำให้เกิดการเชื่อมต่อโมเลกุลที่แม่นยำและเสถียร สิ่งนี้ทำให้มีคุณค่าในระบบส่งยา (drug delivery systems) การทดสอบวินิจฉัย (diagnostic assays) และวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างพื้นผิวหรือโพลิเมอร์ที่ฟังก์ชันนาไลซ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสำหรับการติดฉลากและติดตาม biomolecules ในศึกษาระดับเซลล์และโมเลกุล