9-Azido-4,7-dioxanononanoic acid ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ทางเคมีเพื่อเชื่อมโยงโมเลกุลต่าง ๆ เข้าด้วยกันผ่านปฏิกิริยา Click Chemistry โดยเฉพาะปฏิกิริยา Azide-Alkyne Cycloaddition (CuAAC) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความเฉพาะเจาะจง โดยมักใช้ในการปรับแต่งพื้นผิวของวัสดุ การสร้างไบโอคอนจูเกต (Bioconjugation) และการพัฒนายา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลเพื่อติดฉลากหรือติดตามโมเลกุลเป้าหมายในระบบชีวภาพ