Azido-PEG6-MS ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการทางเคมีชีววิทยาและการสังเคราะห์โมเลกุล โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยา Click Chemistry ซึ่งใช้ในการเชื่อมต่อโมเลกุลต่างๆ อย่างมีประสิทธิภาพ ตัวนี้มักถูกใช้เป็นสารเชื่อมโยง (linker) ในการสังเคราะห์สารประกอบเชิงซ้อน เช่น การเชื่อมต่อโปรตีน, เปปไทด์, หรือโมเลกุลขนาดเล็กเข้ากับพื้นผิวหรือตัวนำอื่นๆ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านนาโนเทคโนโลยีและการพัฒนายา เพื่อปรับปรุงการส่งส่งยาและเพิ่มประสิทธิภาพการรักษา