3,5-Difluorobenzamide ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในความพยายามค้นพบยา นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยด้านเกษตรเคมี ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ แอตอมฟลูออรีนของสารประกอบนี้ช่วยเพิ่มความเสถียรและความสามารถในการจับคู่ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์