ใช้ในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาสารป้องกันเซลล์ประสาทและสารปรับตัวรับโดพามีน โครงสร้างอะโรมาติกที่ถูกแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความจำเพาะในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในสารประกอบออกฤทธิ์ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากผลกระทบการดึงอิเล็กตรอนของอะตอมฟลูออรีน ซึ่งมีอิทธิพลต่อความแรงและการชีวเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพ