1H-Benzo[d]imidazole-5,6-diamine dihydrochloride ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้มีบทบาทสำคัญในการผลิตยาบางชนิด รวมถึงยาต้านรีโทรไวรัสที่ใช้ในการรักษา HIV/AIDS นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสีและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการสร้างสารแต่งสีที่เสถียรและมีสีสันสดใส ในงานวิจัย สารประกอบนี้มักถูกนำไปใช้ในการศึกษาคเคมีเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยพื้นฐานสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพทางชีวภาพ ความหลากหลายของสารนี้ทำให้มีคุณค่าในทั้งภาคอุตสาหกรรมและวิชาการ