ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง พบว่าโครงสร้างเบนโซไอโซซาโซลมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นยาแก้ซึมเศร้า ยาต้านจิตประดิษฐ์ หรือยากระตุ้นการทำงานของสมอง สารอนุพันธ์ของไอโซซาโซลที่มีหมู่คลอโรเอทิลสามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องเพื่อสร้างสารที่มีโครงสร้างซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งอาจนำไปสู่การค้นพบยาใหม่ในอนาคต อย่างไรก็ตาม ยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยและไม่ได้ใช้ในทางการแพทย์โดยตรง