ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะสารที่มีโครงสร้างเบนโซไดออกซิน ซึ่งมักพบในยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้า และยากล่อมประสาท นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความจำเพาะสูงต่อตัวรับในสมอง โครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มสมองและยืดอายุการใช้งานของยาในร่างกาย